课题组负责人

沈伟, 理学博士, 副研究员（2022年12月）, 学术学位硕士研究生导师（生物信息学 0710Z1）, 重庆生物信息学会常务理事, 在重庆医科大学附属第二医院 感染与肝病研究院（原病毒性肝炎研究所）工作。

沈伟长期从事微生物基因组、宏基因组相关生物信息学算法设计与软件开发；主持国家自然科学基金面上项目1项、青年项目1项, 重庆市自然科学基金面上项目1项, 中国博士后科学基金面上项目二等资助1项。作为第一作者和/或通讯作者在Nature Biotechnology、iMeta、Bioinformatics等期刊发表SCI论著9篇, 其中2篇影响因子大于30, 2篇为ESI 1%高被引论文, 单篇最高引用2800余次。同时为社区贡献多个生物信息学软件, 受到同行一致好评。

• 实验室网站：https://mbio.info
• 个人主页：http://shenwei.me
• 开源项目：https://github.com/shenwei356
• ORCID: https://orcid.org/0000-0002-8099-8258
• 谷歌学术：https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=wHF3Lm8AAAAJ

研究方向

• 超大规模基因组数据索引与序列比对
• 宏基因组分类学分类、组成分析
• 基于高通量测序的难培养病原微生物检测技术
• 病毒（噬菌体）基因组
• 生物信息学可重复、高性能软件开发
• …

教育经历

• 2013-09 至 2017-06, 第三军医大学, 微生物学, 博士, 导师：胡福泉
• 2010-09 至 2013-06, 第三军医大学, 生物信息学, 硕士, 导师：李彦
• 2006-09 至 2010-06, 重庆邮电大学, 生物信息学, 学士

博士后工作经历

• 2020-12 至 2022-11, 重庆医科大学, 合作导师：任红

科研与学术工作经历(博士后工作经历除外):

• 2023-10 至 2024-9, 欧洲生物信息研究所(EBI), 国家留学基金委员访问学者, 合作导师 Zamin Iqbal
• 2022-12 至 今, 重庆医科大学, 附属第二医院, 副研究员
• 2019-07 至 2022-11, 重庆医科大学, 附属第二医院, 助理研究员
• 2017-07 至 2019-06, 西部战区总医院, 检验科, 主管技师

近五年主持或参加的国家自然科学基金项目/课题:

• 国家自然科学基金委员会, 面上项目, 32570766, 基于可变长度种子匹配的超大规模细菌基因组序列分析框架构建及应用, 2026-01-01 至 2029-12-31, 50万元, 在研, 主持
• 国家自然科学基金委员会, 专项项目, 82341112, 基于微流控的高通量单病毒全基因组测序平台的开发及应用, 2024-01-01 至 2026-12-31, 160万元, 在研, 参与
• 国家自然科学基金委员会, 青年科学基金项目, 32000474, 细菌种水平基因组特异序列挖掘及数据库的建立, 2021-01-01 至 2023-12-31, 24万元, 资助期满, 主持

近五年主持或参加的其他科研项目/课题(国家自然科学基金项目除外):

• 重庆市自然科学基金, 面上项目, CSTB2025NSCQ-GPX0374, 基于泛基因组图的微生物宏基因组株水平组成解析方法研究, 2025-06 至 2028-05, 10万元, 在研, 主持
• 重庆医科大学附属第二医院, 登峰学科群联合项目, 无, 高通量单病毒测序平台的开发及其在未知原因感染疾病诊断中的应用, 2024-10 至 2027-09, 200万元, 在研, 共同主持
• 中国博士后科学基金, 面上资助, 2021M700640, 基于长读段测序的宏基因组物种组成分析算法研究及应用, 2022-01 至 2023-02, 8万元, 结题, 主持

获奖情况

• EMBL Sabbatical Visitor Fellowship (2024)
• Theory@EMBL Fellowship (2023)
• Chinese Scholarship Council fellowship (2023)

(更新时间: 2025-09-09)