生物信息学相关

软件：

• LexicMap, 快速、可扩展的超大规模原核生物基因组序列比对
• KMCP, 宏基因组物种组成分析，同时也是大规模序列/基因组索引与搜索软件
• SeqKit, FASTA/Q数据操作的瑞士军刀（功能非常多）
• TaxonKit, NCBI分类学数据各种操作，也能从任意分类学数据创建
• unikmer, 支持分类学数据的核酸k-mer分析，可寻找物种/菌株特异性序列

数据：

• taxid-changelog, NCBI taxonomic identifier (taxid) changelog, including taxids deletion, new adding, merge, reuse, and rank/name changes.
• gtdb-taxdump and ictv-taxdump, GTDB and ICTV taxonomy taxdump files with trackable TaxIds

包/库：

• bio, A lightweight and high-performance bioinformatics package in Golang.
  • FASTA/Q reading
  • Sketching algorithms, including Minimizer, Protein Minimizer, Scaled MinHash, Closed Syncmers
  • Taxonomy data manipulation
• kmers, Bit-packed k-mers methods for Golang
• unik, A k-mer serialization package for Golang
• lexichash, LexicHash in Golang
• wfa, Wavefront alignment algorithm (WFA) in Golang
• strobemers, A Go implementation of the strobemers
• bwt, Burrows-Wheeler Transform and FM-index in Golang
• countminsketch, Count-Min Sketch in Golang

通用工具

软件：

• csvtk, CSV/TSV数据操作（功能非常多）
• rush, 批量运行任务，特性丰富
• brename, 安全地批量重命名
• cluster_files, 规范地组织测序数据，方便并行、分阶段分析。
• dirsize, 列出文件和文件夹的大小，比du简单，方便，支持多种操作系统。

库/包：

• stable, streaming pretty text table for Golang

其他

• perfect-bioinformatic-tools, 提高生物信息学命令行软件准确性和易用性的建议

不再维护

• FOMmiR, MicroRNA Prediction Using a Fixed-Order Markov Model Based on the Secondary Structure Pattern
• Fastcov, A novel algorithm for detecting multiple covariance and clustering of biological sequences