生物信息学相关

• LexicMap, 快速、可扩展的超大规模原核生物基因组序列比对
• KMCP, 宏基因组物种组成分析，同时也是大规模序列/基因组索引与搜索软件
• SeqKit, FASTA/Q数据操作的瑞士军刀（功能非常多）
• TaxonKit, NCBI分类学数据各种操作，也能从任意分类学数据创建
• unikmer, 支持分类学数据的核酸k-mer分析，可寻找物种/菌株特异性序列

通用工具

• csvtk, CSV/TSV数据操作（功能非常多）
• rush, 批量运行任务，特性丰富
• brename, 安全地批量重命名

其他

• perfect-bioinformatic-tools, 提高生物信息学命令行软件准确性和易用性的建议

不再维护

• FOMmiR, MicroRNA Prediction Using a Fixed-Order Markov Model Based on the Secondary Structure Pattern
• Fastcov, A novel algorithm for detecting multiple covariance and clustering of biological sequences